Das Kapitel hatte während der Reformation bei den Bürgern alle Achtung verloren, die Lebensweise der Stiftsherren war sehr weit gesunken. Der Reformgedanke hielt auch bei den Stiftsherren Einzug.

Der Heiligenstädter Stiftsberg nach der Zeichnung des Pfarrers Fluk aus dem Jahre 1646

Am 3. Mai 1525 hielt Thomas Müntzer vor der Altstädter Kirche eine Rede, worauf die Bürger das Stift stürmten und die verhassten Privilegienbriefe verbrannten.

Heiligenstadt feiert sein 29. Stadtfest

Über die Gründung des Stifts ist wenig bekannt. In der Karolingerzeit befand sich in Heiligenstadt auf dem Berg ein fränkischer Königshof, neben dem eine kleinere Kirche stand.

Zu einem weiteren Streit kam es 1469, als die Bürger vom Stift das Patronatsrecht der Ägidienkirche verlangten.

Das Stift war dem Bischof unterstellt, sein Propst Leiter des Archidiakonats Heiligenstadt. Ihm waren 130 Pfarreien im Eichsfeld und im Werragebiet unterstellt, die er verwaltete und über die er Recht sprach.

Viele Eichsfelder verbinden klösterliches Leben mit einem geschlossenen Kloster wie Zella, Anrode, Hülfensberg, Gerode oder dem Bergkloster. Aber die erste klösterliche Niederlassung im Eichsfeld war das Stift „Sankt Martin“ in Heiligenstadt.

Im Jahre 1981 fanden umfangreiche Sanierungsarbeiten im heutigen Eichsfeldmuseum statt.

Das Fest „Mariä Namen“ am 12. September ist eines der bekanntesten Namensfeste überhaupt.